Dne 13. května 2020 vydal Nejvyšší správní soud rozsudek 8 Afs 58/2019-48, ve kterém zakazuje nezákonné protahování délky kontrol finanční správě. V předmětném sporu se Finanční správa dopustila toho, že si ve svůj prospěch nezákonně vykládala některá ustanovení zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů. Tím docílila tzv. řetězení ztrát, to znamená, že vznik další daňové ztráty prodlužoval lhůtu pro stanovení daně i pro předchozí roky a tím současně i lhůtu pro jejich kontrolu. Ta by však za běžných okolností u jednoho ztrátového roku neměla přesáhnout tři roky.

V daném rozsudku daňový subjekt vykázal daňovou ztrátu ve zdaňovacím období roku 2008, přičemž běžně tuto ztrátu mohl uplatnit v pěti následujících zdaňovacích obdobích, kdy poslední zdaňovací období, za které mohl daňovou ztrátu uplatnit (a také uplatnil) bylo zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014. Daňovému subjektu však byla vyměřena daňová ztráta i za zdaňovací období roku 2009 a v jeho neprospěch toho využila Finanční správa.

Na tento daňový subjekt použila řetězení ztrát a prodloužila lhůtu pro stanovení daně, což výrazně omezuje daňový subjekt, jelikož Finanční správa tak může provádět daňové kontroly hypoteticky až do nekonečna proti čemuž se daňový subjekt ohradil.

Takovéto vykládání zákona finanční správou Nejvyšší správní soud odmítl a dal za pravdu daňovému subjektu, jelikož je třeba jednoznačně upřednostnit možnost, která řetězení ztrát zakazuje. Odlišná aplikace § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů totiž nerespektuje jeho smysl a zasahuje do právní jistoty daňových subjektů.

Nejvyšší správní soud řekl, že text zákona váže prodloužení lhůty pro stanovení daně výhradně na zdaňovací období, v němž konkrétní daňová ztráta vznikla. Obě strany mají mít objektivně daný a jednoznačně definovaný časový prostor, ve kterém mohou vzájemně vypořádat právní vztahy plynoucí z daňových povinností. Lhůta pro stanovení daně má za každé zdaňovací období svůj zcela samostatný režim a obecně skončí po uplynutí lhůty pro stanovení daně týkající se posledního (pátého) zdaňovacího období, v němž mohla být daňová ztráta uplatněna, ať už daňový subjekt fakticky uplatnil v kterémkoliv z daných zdaňovacích období.

Nejvyšší správní soud tímto rozhodnutím vytvořil precedens, kdy Finanční správa nemá právo prodlužovat tuto lhůtu a provádět nekonečné kontroly daňových subjektů a musí se držet standardní délky maximálně 3 roky.